BIOCHIMICA, BIOCHIMICA APPLICATA E PROTEOMICA

Crediti: 
9
Settore scientifico disciplinare: 
BIOCHIMICA (BIO/10)
Anno accademico di offerta: 
2017/2018
Semestre dell'insegnamento: 
Primo Semestre
Lingua di insegnamento: 

Italiano

Obiettivi formativi

Durante questo corso, allo studente verranno fornite conoscenze indispensabili per le analisi sperimentali e l'interpretazione dei risultati nel campo delle discipline biochimiche.
Nella prima parte del corso, le conoscenze impartite riguardano la struttura e le molteplici funzioni delle proteine, di cui verrà sottolineato il ruolo fondamentale nei processi cellulari. Lo studente verrà inoltre introdotto alla conoscenza delle principali classi di piccole molecole biologiche (zuccheri, lipidi, amminoacidi, nucleotidi) ed apprenderà le vie metaboliche di base attraverso cui queste molecole vengono degradate e sintetizzate.
Nella seconda parte del corso, allo studente saranno fornite conoscenze sistematiche sulle principali tecniche sperimentali impiegate nel laboratorio di biochimica, nonché competenze riguardo all'analisi e comprensione dei risultati sperimentali. Le tecniche esaminate riguarderanno l’identificazione, l’isolamento, e lo studio strutturale e funzionale delle macromolecole biologiche. Infine, verranno affrontate le tematiche, le strategie e le tecniche principali impiegate negli studi di proteomica.
Le conoscenze acquisite ed il livello di comprensione della materia sono verificate per mezzo di esami scritti.

Prerequisiti

Corsi di chimica generale e di chimica organica

Contenuti dell'insegnamento

Parte I

Struttura e funzione delle proteine.

Gli aminoacidi. Il legame peptidico. La struttura tridimensionale delle proteine: strutture primaria, secondaria, terziaria e quaternaria. Funzione ed evoluzione delle proteine.
L’emoglobina come modello di proteina allosterica. Gli enzimi: concetti di base e cinetica. Il modello di Michaelis-Menten. Inibizione competitiva e non competitiva dell’attività enzimatica. Un enzima esemplare: la chimotripsina. Strategie di regolazione dell'attività enzimatica.

Metabolismo

Fondamenti di bioenergetica: DG0 e DG0’. L’ATP come molecola energetica. Altre molecole-chiave del metabolismo energetico: NADH, FADH2, coenzimi e vitamine. I carboidrati: proprietà e concetti generali. Glicolisi e fermentazioni; ciclo dell'acido citrico; via del pentoso fosfato e gluconeogenesi; metabolismo del glicogeno. La fosforilazione ossidativa: la catena mitocondriale di trasportatori di elettroni; gradienti protonici e biosintesi di ATP. Il metabolismo degli acidi grassi: vie degradativa (beta-ossidazione) e biosintetica e loro regolazione. Biosintesi ed utilizzazione dei corpi chetonici. Degradazione degli amminoacidi e ciclo dell'urea. Biosintesi degli amminoacidi e dei nucleotidi.

Parte II

Metodologie biochimiche di base.

Frazionamento subcellulare. Estrazione e purificazione di proteine.
Tecniche elettroforetiche e cenni sulle tecniche cromatografiche.
Tecniche immunochimiche e loro applicazioni.
Impiego dei radioisotopi nell’analisi biochimica.
Saggi enzimatici e unità di attività.

Proteomica.

La proteomica, concetti generali.
Proteomica sistematica e basi metodologiche dell’approccio proteomico: elettroforesi mono- e bi-dimensionale di proteine; spettrometria di massa accoppiata all’analisi di banche dati.
Studio proteomico delle modificazioni post-traduzionali.
Proteomica differenziale e proteomica funzionale: esame dettagliato di alcuni esempi significativi di approcci proteomici allo studio di problemi biologici.

Bibliografia

Parte I
Biochimica: David L. Nelson e Michael M. Cox, I Principi di Biochimica di Lehninger Zanichelli,.
Mary K. Campbell, Shawn O. Farrell Biochimica EdiSES
Parte II
Bonaccorsi, Contestabile, Di Salvo, Metodologie Biochimiche, Casa Editrice Ambrosiana;
Reed, Holmes, Weyers & Jones, Metodologie di base per le scienze biomolecolari,
Zanichelli.
Per gli argomenti di proteomica, gran parte delle lezioni si basano su articoli scientifici (in inglese) messi a disposizione degli studenti.

Metodi didattici

Il corso prevede sia lezioni frontali sia (se i finanziamenti alla didattica lo permettono) esercitazioni di laboratorio.
Nelle ore di lezione frontale, saranno illustrate – anche con il supporto di mezzi audiovisivi - le proprietà delle proteine e degli enzimi, nonché descritte le vie metaboliche fondamentali.
Nelle ore di laboratorio, saranno prese in esame e messe in atto le principali metodologie biochimiche per l’identificazione, l’isolamento, e lo studio strutturale e funzionale delle proteine.

Modalità verifica apprendimento

Le conoscenze acquisite, nonché la capacità di utilizzarle in pratica, sono verificate nel corso di esami scritti, con test che si articoleranno in una sezione di quiz a risposta multipla ed in una sezione di domande a risposta aperta.
Tramite i test a risposta multipla saranno verificate soprattutto le conoscenze acquisite e la capacità di comprendere. Nelle domande a risposta aperta, dove lo studente dovrà rispondere scrivendo un testo relativamente esteso su un argomento o su un problema, verranno valutate le capacità di applicare conoscenza e comprensione, nonchè l'autonomia di giudizio e la capacità di esporre idee analisi con chiarezza e proprietà.
I test scritti saranno due, da sostenersi in tempi diversi.
La prima prova scritta riguarderà il programma di Biochimica (strutture-funzione delle proteine e metabolismo) e la seconda riguarderà il programma di Biochimica Applicata e Proteomica (Metodi di laboratorio di base e tecniche proteomiche). Per ciascuno scritto, i risultati ottenuti nelle due sezioni (domande a crocette e domande aperte) avranno pesi simili nel determinare il voto complessivo (scala 0-30).
Soltanto dopo avere superato con successo la prima prova scritta, lo studente potrà accedere alla seconda. Il voto finale riflette la media aritmetica delle votazioni conseguite nei due parziali. La lode viene assegnata in caso di raggiungimento del massimo punteggio in ciascuno dei due tests parziali, a cui si aggiunga la padronanza del lessico disciplinare.